现在面积达30多平方公里的钟山风景区，几乎就是当年明孝陵的整个范围。在这处庞大的帝陵区域内，设计者将整座钟山以及部分水面作为重要的“风水”景观，一齐纳入孝陵的建筑规划设计中，从而实现了“因山为陵”、“天人合一”的中国帝陵建筑传统和文化理念。钟山古称“龙山”，早在江东末年，已被诸葛亮、孙权等政治家视为“龙蟠”之地，朱元璋作为大明开国之君，更不会放过这块宝地，自然会择金陵“龙脉”为葬地。后来，孙中山、蒋介石都选择此地为自己的归宿，也是因为钟山是风山宝地之故。(中山陵是建成了，成为南京中山陵园风景区主要景点，也是重要的民国建筑；蒋介石因为退守台湾，未能如愿，如今在台湾筑有“蒋陵”。）

朱元璋选择在钟山之阳建造陵，钟山之阴建陪葬功臣墓，南北对应，尊卑昭然，这完全符合“风水”要义—— 钟山有东、中、西三峰，在风水上称“华盖三峰”，而以中峰最尊，孝陵恰好处于中峰之南玩珠峰下，而最早将这块地盘视作风水宝地的是梁代高僧宝志和梁武帝萧衍；在孝陵之西，有一座小山，人称“小虎山”，过去不解其意，现从风水地貌上分析，方知其正处于孝陵之右的“虎砂”位上，与孝陵之东的“龙砂”之象左右对列；直对孝陵陵宫的“梅花山”，过去都以为乃朱元璋为让吴大帝孙权这条“好汉”给他的陵寝看大门而留下的，其实，这一如座如屏的小山是孝陵风水中的“案山”，有着十分重要的文化象征意义；西南方向的前湖及逶迤南下的“钟山浦”也具有灵动的“朱雀”风水特征。

这样孝陵陵宫及宝城就具备了左青龙、右白虎、前朱雀、后玄武的风水“四象”，加之孝陵的三道“御河”都呈由左向右流淌的形势，这种水风水上称“冠带水”，亦十分难得。从中国古代帝王陵寑规制上看，从春秋时期开始，就有“依山起陵”的观念，后来有了“依山环水”的讲究，到秦、汉、唐、宋几代，帝陵逐渐发展成方上、陵台、方垣、上下宫的制度和中轴对称的规整格局，这种布局的基础非风水宝地不建。现在有人提出发掘的“秦陵”、“乾陵”，就是典型的风水宝地。秦陵南依骊山，北临渭水，符合《大汉原陵秘葬经》中的“立冢安坟，须籍来山去水”之陵寑择址标准，可谓吉壤。

位于关中的乾陵，地形地貌结合完美，有山(梁山)有水(漠谷河)，陵区如裸睡少妇，棒槌岭如男根插在中间，应合“阴阳二仪、天地配合”之原理。乾为天为阳，坤为地为阴，阴阳交合，乃生万物。《葬书》中说，“葬者，乘生气也。藏风聚气，得水为上……故葬者以左为青龙，右为白虎，前为朱雀，后为玄武。”乾陵具备了风水宝地的所有条件，据说，高宗李治登基不久，命当时有名的星相大师袁天罡和专掌阴阳天文历法的太史令李淳风，为他择万年吉壤，这块地是袁、李两人共同定下的。朱元璋则新创了一套帝陵体制。孝陵以钟山为中心，外郭城垣走向曲折，绕山而建，这一点与明初京师城垣相似；神道也是不循常规，弯曲而行，与陵宫部分构成一平面如“北斗”的形状。

《大明孝陵神宫圣德碑》记载，朱元璋“审天象，作地志”，此即是采用了象天法地，以“天帝”所居之“北斗”位居中央，周围按二十八宿构成的青龙、白虎、朱雀、玄武四象环绕的神秘布局手法，这里就“风水说”。古人认为北斗七星是“天帝”居住的地方，皇帝是天子，“升天”也就意味着到北斗七星上去住了。这种追求“魂归北斗”的“北斗七星”陵区布局，影响到了后代王帝陵寑的择址和建设。北京城的规制是仿南京城的，北京十三陵的构建规制同样源自南京，源自孝陵。十三陵中的第一座、也就是明成祖朱棣的陵寝长陵的规制，完全按照孝陵的标准构造的。其后的献陵、景陵、裕陵、茂陵、泰陵、康陵、永陵、昭陵、定陵、庆陵、德陵、思陵的营造，虽有大小之别，但规制相同。整个陵园以长陵为主体，向东南、西北和西南展开，周围约80里，形成了明朝规模宏伟的陵园。